Фамилия Кудайнетов — одна из тех, что сразу указывает на этническое и религиозное происхождение. Её основа — арабское или тюркское слово «Кудайнет» (или «Кудайнет»), которое восходит к имени Кудайнет, варианту имени Худайнет. В переводе с арабского «Худайнет» означает «дар Божий» или «Божий подарок» (от «худа» — «дар» и «Аллах» — «Бог»). Это имя было распространено в среде мусульманских народов, особенно у татар, башкир, казахов и народов Северного Кавказа.

Суффикс «-ов» в фамилии Кудайнетов указывает на русскую модель образования фамилий, характерную для XVI–XIX веков. Когда представители нерусских народов входили в состав Российской империи, их имена и прозвища часто русифицировали: к основе добавляли суффикс -ов, реже -ев или -ин. Так Кудайнет превратился в Кудайнетов. Фамилия закрепилась в среде крещёных татар, башкир или кавказских народов, которые перенимали русскую фамильную систему, но сохраняли исходное имя в основе.

Географически фамилия Кудайнетов встречается в Поволжье (особенно в Татарстане и Башкортостане), на Урале, а также в некоторых регионах Кавказа. Встречаются варианты написания — Кудайнатов, Кудайнетов (с разной огласовкой). В дореволюционных документах фамилию могли записывать как «Кудайнетовъ» или, из-за ошибок писцов, как «Кудайметов», «Кудайнетов».

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -ов, образованных от профессий (Кузнецов) или внешних признаков (Белов), Кудайнетов — это фамилия-теофорная, то есть прямо связанная с религиозным понятием. Она говорит о том, что предок носителя, скорее всего, был мусульманином, а имя Кудайнет ему дали в честь благодарности Богу за рождение ребёнка. В русском контексте такие фамилии редки и обычно принадлежат потомкам татарских или башкирских мурз, которые приняли православие, но оставили в фамилии память о прежней вере.

Если копать глубже, можно заметить, что в казахском языке есть слово «құдай» — «Бог», а «нет» — суффикс, образующий уменьшительно-ласкательную форму. То есть Кудайнет могло означать «боженька» или «маленький Бог» — не в буквальном смысле, а как ласковое прозвище ребёнка. Однако эта версия менее вероятна, так как в арабском корне «худа» — «дар» — более чёткая этимология.

В советское время фамилия не претерпела значительных изменений, хотя носители могли столкнуться с непониманием из-за явного «нерусского» звучания. Сегодня Кудайнетовы живут в разных регионах России и ближнего зарубежья, но их корни почти всегда ведут в тюрко-мусульманскую среду.