Фамилия Кудей — редкий случай, когда в основе лежит не личное имя или профессия, а этноним, то есть название целого племени. Речь идет о племени кудей, входившем в айлинскую группу башкир. По преданиям, кудейцы вели происхождение с Кавказа и из Средней Азии. В Волго-Камье они пришли в общем потоке баджгардо-бурджанских племен, а в Приуралье сначала осели на реках Ик и Мензеля, где смешались с усерганами, тангаурами и бурзянами.

История расселения кудеев сложная и многоэтапная. В XIII–XIV веках они переселились на левобережье реки Белой. На рубеже XIV–XV веков часть рода ушла в лесные районы нижнего течения Уфы, другая часть двинулась вверх по реке Сим, а позднее — на Юрюзань и Лемезу. Именно от этого тюркского племени и могла образоваться фамилия Кудей: так называли человека, принадлежащего к этому роду, или выходца с этих земель.

Однако география фамилии не ограничивается Башкирией. В документах XIX–XX веков Кудей встречается и на Украине. Известен украинец Кудей Елисей Степанович, родившийся в 1869 году в Харьковской губернии, Изюмском уезде, село Б-Кумушваха. А в Книге памяти Пермской области записан Кудей Карп Андреевич 1881 года рождения из села Велико-Камышеватка того же Изюмского района. Эти записи говорят о том, что фамилия бытовала в среде украинского и русского населения южных губерний. Возможно, туда ее принесли переселенцы или служилые люди, либо у слова «кудей» было и другое, диалектное значение — например, прозвище, связанное с характером или внешностью.

Морфологически фамилия проста: это чистая основа без суффикса. Такая модель характерна для украинских и белорусских фамилий, а также для тюркских по происхождению. В русской традиции фамилия могла бы оформиться как Кудеев, но форма Кудей сохранилась, что дополнительно указывает на южное или восточное происхождение носителей.