Фамилия Кудейкин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её значение, нужно разобрать два компонента: корень и суффикс.

Суффикс -ин в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность: «чей?» — Кудейкин, то есть сын или потомок Кудейки. Сама основа Кудейка — это не полное имя, а уменьшительная форма. От какого именно полного имени она образована — вопрос открытый. Самая вероятная версия: от канонического имени Кудей (Кудей, Кудай) — так в древнерусских документах и в народной среде сокращали имя Никодим (через форму Кудим). Соответственно, Кудейка — это «маленький Кудей», а Кудейкин — «внук Кудейки». Такая модель (Кудим → Кудейка → Кудейкин) типична для русской ономастики XVI–XVII веков, когда от церковных имён массово образовывали бытовые прозвища.

Менее распространённая, но допустимая версия связывает фамилию с тюркским словом «кудай» (бог, небо). В этом случае Кудейка могло быть прозвищем, данным человеку за набожность или, наоборот, за «божественный» нрав. Однако для русской фамилии такая основа встречается реже, и обычно удерживается только в среде, где тюркские языки были в бытовом обиходе (южные и восточные регионы). Прямых доказательств этой версии для фамилии Кудейкин нет, но исключать её полностью нельзя.

Географически фамилия встречается точечно, без ярко выраженного гнезда. В дореволюционных переписях Кудейкины фиксировались в основном в центральных губерниях России (Рязанская, Тамбовская, Пензенская), что скорее подтверждает версию о происхождении от русского имени Кудим/Кудей, а не от тюркского заимствования. Сословно это были преимущественно крестьяне и мещане — фамилия не дворянская, не купеческая, а бытовая, возникшая в среде, где человека называли по отцу или деду с уменьшительным суффиксом.

В написании фамилия устойчива: вариант «Кудейкин» с буквой «е» в корне и окончанием -ин — единственно верный. Путаница с «Кудайкин» возможна, но в документах она не закрепилась. Таким образом, с большой долей уверенности можно сказать: предок носителя фамилии Кудейкин был человеком по имени Кудей (или Кудим), а сама фамилия — типичный пример русского патронимического образования на -ин, без экзотических наложений.