Фамилия Кудишкина — женская форма мужской фамилии Кудишкин. В основе, скорее всего, лежит прозвище или имя Кудишка, образованное от глагола «кудить». В древнерусских говорах это слово означало «курить, дымить, чадить», а в переносном смысле — «мутить, ссорить, затевать смуту». Человек с таким прозвищем мог быть беспокойным, склонным к спорам или, наоборот, кузнецом (дым от горна) или тем, кто топил печи, — но вторая версия менее вероятна: для ремесленных прозвищ чаще использовали более прямые названия.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кудишкин буквально значит «сын Кудишки». Такая модель типична для прозвищ и некалендарных имён, которые были распространены в крестьянской среде до середины XVII века, а потом закрепились в фамилиях. Сама основа Кудишка — это уменьшительно-уничижительная форма: суффикс -ишк- придавал слову оттенок пренебрежения или просто указывал на малый рост или возраст. То есть Кудишкой могли назвать невысокого смутьяна или младшего сына, который «кудит» больше всех.

Географически фамилия редкая. По данным открытых архивов, носители Кудишкиных встречаются в основном в центральных областях России — в Тверской, Московской, Ярославской губерниях, а также на Урале, куда крестьяне переселялись в XVIII–XIX веках. В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксируется с конца XVIII века, что говорит о её позднем закреплении — скорее всего, из прозвища она превратилась в фамилию уже после ревизских сказок, когда крестьян начали массово записывать по отчеству.

Важно не путать Кудишкина с фамилиями Кудинов, Кудимов или Кудиновский: у них разные корни. Кудинов, например, восходит к церковному имени Никодим (через краткую форму Кудим или Кудин), а Кудишкин — именно к глаголу «кудить». Это самостоятельная словообразовательная ветвь, и путать их не стоит — хотя в быту их могли записывать на слух с ошибками, что добавляет путаницы в архивах.