Фамилия Кудишкин — это классический пример того, как церковное имя в народной среде обрастало уменьшительными формами, а те, в свою очередь, закреплялись в качестве родового прозвища. В основе лежит каноническое мужское имя Акиндин, которое пришло на Русь вместе с христианством из греческого языка и означало «безопасный». Имя было не из самых частых, но давало богатый материал для производных: в обиходе длинное и торжественное Акиндин быстро «съёживалось» до кратких вариантов. Один из них — Кудишка — и стал тем самым зерном, из которого выросла фамилия.

Модель образования проста и прозрачна: к основе Кудишк- добавился типичный русский суффикс принадлежности -ин. В древнерусской антропонимии суффикс -ин означал «чей?», «сын кого?». То есть Кудишкин буквально — «сын Кудишки», «мальчик из семьи Кудишки». Такая схема характерна для фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я: Кудишка → Кудишкин, Федька → Федькин, Мишка → Мишкин.

Интересно, что в русских говорах слово «кудишка» могло иметь и самостоятельное нарицательное значение — так в некоторых регионах называли мелкого, невзрачного или суетливого человека. Однако в случае с фамилией Кудишкин первичным, скорее всего, было именно личное имя: перекличка с именем Акиндин прослеживается чётко, а прозвищная версия остаётся лишь дополнительным, менее вероятным объяснением.

Фамилия эта довольно редкая. Встречается она преимущественно в центральных и северо-западных областях России — там, где имя Акиндин было более употребительным в старину. Поскольку фамилия образована не от полной, а от разговорной формы, она указывает на то, что предки носителя были людьми простого звания — крестьянами или посадскими, в среде которых усечённые и уменьшительные имена были нормой.