Основой фамилии Кудишкин послужило имя Кудишка. Фамилия Кудишкин восходит к крестильному мужскому имени Акиндин. Оно имеет греческое происхождение и переводится на русский язык как «безопасный». От этого имени было образовано множество просторечных форм, одна из которых — Кудишка — и легла в основу данной фамилии. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Кудишка, со временем получил фамилию Кудишкин.