Фамилия Кудишин образована от имени Кудиша. Это одна из обиходных, просторечных форм крестильного имени Акиндин. Имя Акиндин пришло из греческого языка и означает «безопасный». В русской народной среде полные церковные имена часто сокращали и переделывали на свой лад — так из Акиндина получилось Кудиша. Потомка человека с таким именем и стали называть Кудишиным.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Кудиши». Это типичный патроним, характерный для русских фамилий, которые складывались в XV–XVII веках. Суффикс -ин, а не -ов, говорит о том, что основа имени оканчивалась на -а или -я: Кудиша.

Встречаются и другие объяснения корня. Некоторые исследователи связывают основу Кудиш- с глаголом «кудить» — в некоторых говорах это означало «кутить, проказничать, шалить». Если так, то прозвище Кудиша могли дать человеку бойкого, неспокойного нрава. Однако версия с именем Акиндин выглядит убедительнее: она опирается на устойчивую традицию народной переделки церковных имён, а фамилия на -ин как раз и закреплялась за такими краткими формами.

Фамилия Кудишин встречается в разных регионах, но чаще всего — в западных и центральных областях России, а также на Украине и в Беларуси. Сословной привязки у неё нет: Кудишины могли быть и крестьянами, и мещанами, и служилыми людьми — фамилия не указывает на происхождение из какого-то одного слоя.