Основой фамилии Кудишин послужило имя Кудиша. Фамилия Кудишин восходит к крестильному мужскому имени Акиндин. Оно имеет греческое происхождение и переводится на русский язык как «безопасный». От этого имени было образовано множество просторечных форм, одна из которых — Кудиша — и легла в основу данной фамилии. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Кудиша, со временем получил фамилию Кудишин.