Фамилия Кудишины образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Кудишин, то есть сын или потомок Кудиши. Основа здесь — не полное календарное имя, а его обиходная, народная форма.

В основе фамилии лежит имя Кудиша, которое является одной из множества уменьшительно-бытовых форм от крестильного имени Акиндин. Имя Акиндин — греческого происхождения, в переводе означает «безопасный» или «невредимый». В русском быту длинное и непривычное для слуха имя быстро сокращали: так на свет появились формы Киндя, Акиндинка, а затем и Кудиша. Звук «к» в начале возник, скорее всего, из-за перестановки слогов или под влиянием других популярных имён (например, Кудря, Кудеяр).

Имя Акиндин было относительно редким, поэтому и фамилия Кудишин не относится к числу массовых. Она встречается в центральных областях России, а также есть данные о её бытовании в южнорусских регионах и в Сибири — туда фамилию могли занести переселенцы. Точное место и время возникновения фамилии проследить сложно: процесс становления русских фамилий шёл несколько столетий, и такие «домашние» варианты могли закрепиться в разных местах независимо друг от друга.

С точки зрения словообразования фамилия Кудишин стоит в одном ряду с фамилиями Кудинов, Кудимов и Кудашев — все они образованы от разных народных форм одного и того же имени Акиндин. Разница лишь в том, какой именно вариант прозвища закрепился в конкретной семье: Кудиша, Кудин, Кудим или Кудаш.