Фамилия Кудишова — женская форма фамилии Кудишов, и её происхождение стоит искать не в очевидных именах вроде Кузьма или Никита, а в более редком и местном корне. Основа здесь — прозвище Кудиш, которое могло образоваться от глагола «кудить» — в русских говорах это значило «кутить, проказничать, делать неладное». В северных и сибирских диалектах «кудить» также означало «колдовать, напускать порчу». Соответственно, Кудиш — человек, склонный к шалостям, смутьян, либо, по второй версии, знахарь или тот, кого подозревали в колдовстве.

Словообразовательная модель типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ов/-ев образует притяжательную форму, отвечающую на вопрос «чей?». Кудишов — буквально «сын Кудиша». Суффикс -ш- в прозвище Кудиш — редкий, он характерен для северо-западных и новгородских говоров, где такие формы встречаются чаще, чем в центральной России. Это позволяет предположить, что географические корни фамилии — не юг и не центр, а скорее Псковская, Новгородская области или Русский Север.

В ономастической литературе фамилия не относится к числу широко распространённых. Её нет в массовых списках дворянских или купеческих родов, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение. В документах XIX — начала XX века Кудишовы встречаются преимущественно в Вологодской и Архангельской губерниях, что косвенно подтверждает связь с северными говорами. Интересно, что ударение в фамилии чаще падает на второй слог — Куди́шов, хотя в некоторых семьях могли произносить и Ку́дишов, если прозвище воспринимали как образованное от имени Куди́м (редкая форма от Никодим).

Таким образом, фамилия Кудишова несёт в себе отпечаток севернорусской диалектной среды и, вероятно, характеризовала предка либо как озорного человека, либо как того, кто знался с «нечистой силой» — в зависимости от того, какое значение слова «кудить» было в ходу в его местности.