Фамилия Кудышева — женская форма, мужская — Кудышев. В её основе лежит тюркское имя или прозвище Кудыш, которое восходит к слову кудыш — так в ряде тюркских языков называли человека маленького роста, коротышку или, в переносном смысле, недотёпу. Слово встречается в татарском, башкирском и казахском языках, поэтому фамилия Кудышев распространена прежде всего среди народов Поволжья и Приуралья, особенно у татар и башкир. Многие носители фамилии в России — потомки татарских мурз или башкирских старшин, перешедших на русскую службу в XVI–XVII веках.

Словообразовательная модель проста: к основе Кудыш прибавили русский патронимический суффикс -ев. Такая форма типична для фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на твёрдый согласный (ср. Абдушев, Якушев). Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что в основе был мягкий или шипящий звук (в данном случае — «ш»). В документах фамилия могла записываться по-разному: Кудышев, Кудишев, Кудышов. Первый вариант стал самым частым, потому что в русском языке после шипящих под ударением пишется «ы», а в безударном положении «и» — но в фамилиях закрепилась орфография, близкая к исходному произношению.

Встречается и другая версия: от русского диалектного слова «кудыш» — так в некоторых говорах называли кошелёк или мешочек для денег. Тогда прозвище Кудыш мог получить бережливый или прижимистый человек. Однако эта гипотеза слабее, потому что фамилия почти не встречается в центральных русских областях, зато плотно представлена в Татарстане и Башкортостане. Тюркское происхождение подтверждается и тем, что имя Кудыш как личное зафиксировано в старых переписных книгах Казанского уезда XVII века.

Сословно носители фамилии не были однородны. Среди Кудышевых встречались как крестьяне и ясачные люди (платившие подать пушниной), так и служилые татары, получавшие за службу поместья. В XIX веке часть Кудышевых вошла в состав оренбургского и уральского казачества — их потомки до сих пор живут в Челябинской и Оренбургской областях. Фамилия не редкая, но и не массовая: по данным переписи 2020 года, в России её носит около трёх тысяч человек, преимущественно в Приволжском и Уральском федеральных округах.