Фамилия Кудишина — женская форма, мужской вариант — Кудишин. В её основе лежит нецерковное имя или прозвище Кудиш, а само слово «кудиш» в русских говорах имело несколько значений, и выбор между ними — главная задача этимолога.

Самая вероятная версия отталкивается от глагола «кудить» — пакостить, портить, делать наперекор. В северных и сибирских диалектах «кудила» — это проказник, озорник, человек, который вносит разлад. Форма «кудиш» могла быть уменьшительной или пренебрежительной: так могли называть несерьёзного, взбалмошного человека или, напротив, того, кто постоянно вмешивается не в своё дело. Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — сын или дочь Кудиша.

Вторая версия, менее распространённая, связывает прозвище с диалектным «куда» — кутерьма, суета, или с тем же корнем, что и «кудель» (лён для прядения). Если Кудиш — прозвище прядильщика или того, кто торгует куделью, то фамилия попала бы в разряд профессиональных. Но прямых подтверждений этому в источниках по русской ономастике нет, тогда как значение «проказник» фиксируется словарями народных говоров уверенно.

Регионально фамилия Кудишин (и Кудишина) встречается в основном на северо-западе России, особенно в Псковской и Новгородской областях, а также в Сибири — в местах, куда переселялись северные крестьяне. Это сужает круг поисков: предки Кудишиных, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, а не дворянами — фамилия не попала в родословные книги, и её носители оставались в непривилегированных сословиях.

Примечательно, что у фамилии есть однокоренные «родственники» — Кудин, Кудинов, Кудимов. Все они восходят к тому же корню «куд-», но с разными суффиксами. Кудишин стоит в этом ряду особняком: суффикс -иш- встречается реже, чем -ин или -ов, и придаёт основе оттенок уменьшительности или пренебрежения. Это может указывать на то, что прозвище Кудиш было не столько именем, сколько бытовой характеристикой — неофициальной и, возможно, нелестной.

Таким образом, фамилия Кудишина — это «дочь Кудиша», а сам Кудиш, скорее всего, был человеком с непростым характером: либо озорным, либо вздорным, либо просто деятельным хлопотуном.