Фамилия Кугенко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко. Суффикс -енко в украинской ономастике означает «маленький», «сын» или «потомок» и исторически указывал на происхождение от отца по имени или прозвищу. Так, Кугенко — это «сын Куги» или «потомок Куги».

Основа «Куга» — это, скорее всего, прозвище. В украинском языке слово «куга» имеет несколько значений. Первое и самое распространённое — это водное растение, рогоз (иногда его путают с камышом). Второе, менее известное, — «печаль», «тоска», «беда» (от тюркского «куг» — горе). Прозвище Куга могли дать человеку по разным причинам: либо за худобу и высокий рост (как стебель рогоза), либо за угрюмый или печальный нрав, либо по месту жительства — у заросшего кугой болота.

Версия о происхождении от тюркского корня тоже имеет основания, учитывая исторические контакты украинских земель с тюркскими народами. Однако в случае с фамилией Кугенко более правдоподобна славянская основа, связанная с растением: прозвища по внешним признакам или месту жительства встречаются в фамилиях гораздо чаще, чем абстрактные «печальные» прозвища.

Географически фамилия Кугенко наиболее распространена в центральных и восточных областях Украины, а также среди потомков украинских переселенцев на Кубани и в других регионах России. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые в России были маркером служилого сословия, фамилии на -енко в XVII–XVIII веках бытовали преимущественно среди казачества и крестьянства Левобережной Украины.

Редкость фамилии Кугенко по сравнению с более частыми Коваленко или Шевченко объясняется тем, что прозвище Куга было не столь популярным, как названия профессий. Тем не менее, эта фамилия — живой след украинской прозвищной традиции, где человека могли назвать по растению, которое его окружало.