Фамилия Куковенко — классический пример украинской фамилии, образованной по модели «прозвище + суффикс -енко». Суффикс -енко в украинской ономастике означает «сын» или «потомок», то есть Куковенко буквально понимается как «сын Куковеня». Основа фамилии — прозвище Куковень, которое восходит к глаголу «куковать». Это сразу подсказывает две возможные версии происхождения.

Первая версия — звукоподражательная. Прозвище Куковень могли дать человеку, голос или манера речи которого напоминали характерное «ку-ку». Вторая версия — бытовая, и она, пожалуй, более живуча. В народной речи «куковать» означало не только издавать звуки, но и жить в нужде, бобылем, без семьи и достатка. Так могли назвать одинокого, бедствующего человека, который «кукует» в одиночестве. В этом смысле прозвище Куковень несло оттенок социальной характеристики: им могли «наградить» бобыля или неудачника.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна: корень кук- (от «куковать»), суффикс -овень, который превращает глагольную основу в прозвище (ср. «вертеть — вертень», «кивать — кивень»), и типичный украинский патронимический суффикс -енко. Географически фамилия Куковенко наиболее характерна для центральных и восточных регионов Украины, где суффикс -енко был доминирующей моделью формирования фамилий у крестьян и казаков. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, эта модель не указывает на принадлежность помещику, а прямо говорит о родстве: «чей ты будешь? — Куковенко, то есть Куковенев сын».

Интересно, что в русском языке есть фамилия Кукуев, образованная от того же корня, но по другой модели. Куковенко же сохранила украинскую огласовку и суффикс, что сразу выдает её происхождение. В дореволюционных метрических книгах фамилия могла записываться как Куковѣнко (с ятем), что подтверждает её малороссийские корни. Сословно носители фамилии относились в основном к крестьянству и казачеству — в среде дворянства фамилии на -енко почти не встречались. Таким образом, Куковенко — это не просто фамилия, а краткая история предка, которого в XVII–XVIII веках прозвали за его голос или одинокую долю, и это прозвище закрепилось за его потомками.