Фамилия Куковина — яркий пример того, как одно слово-прозвище может дать начало целому ряду родственных фамилий. Её основа — «куковина» или «куковка». В северных и сибирских говорах так называли кукушку, а также — что важнее для происхождения фамилии — кукушкино яйцо, а в переносном смысле — нечто необычное, чужеродное, подкинутое.

Самый вероятный сценарий появления фамилии — прозвище Куковина, данное человеку с какими-то отличительными особенностями. В русской традиции прозвища часто давались по сходству с животными или птицами. «Куковкой» могли назвать плаксивого, тоскующего человека (по ассоциации с грустным «ку-ку»), либо, наоборот, бойкого, неспокойного, «как кукушка на суку». Но есть и другая, более конкретная версия: прозвище могло закрепиться за незаконнорожденным или приёмным ребёнком — «подкидышем», которого в народе метафорически сравнивали с кукушкой, подкладывающей яйца в чужие гнёзда.

Модель образования фамилии — суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Куковина буквально означает «жена или дочь Куковы», но на практике фамилии на -ин часто закреплялись и за мужчинами, особенно в среде крестьян и мещан, где фамилии ещё не устоялись. В официальных документах XIX века фамилию могли записать и как Куковин, а Куковина — это её женская форма, которая со временем закрепилась за целым родом.

Географически фамилия встречается в основном на Русском Севере, в Вологодской и Архангельской областях, а также в Сибири — регионах, где говор сохранил слово «куковина». Встречаются и однокоренные фамилии: Куков, Кукушкин, Кукуев. Но если Кукушкин — самая распространённая «птичья» фамилия, то Куковина — более редкая и локальная, что делает её ценным маркером для генеалогического поиска: предки носителя этой фамилии с большой вероятностью жили именно в тех местах, где «куковиной» называли не только птицу, но и человека с необычной судьбой.