Фамилия Кугуков образована от прозвища Кугук. Оно ведет свое начало от нарицательного «куга» — «водяное и болотное растение семейства осоковых», «озерный камыш». Вероятно, прозвище отражало особенности места жительства основателя фамилии: недалеко от небольшого озера, пруда. Возможно также, что основой для прозвища послужил диалектный глагол «кужить», который в рязанских и орловских говорах имеет значение «конопатить бочки и строения стеблями куги». В таком случае прозвище Кугук относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности предка.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ук (в звучании -уг) характерен для южнорусских и украинских говоров, он придаёт прозвищу оттенок принадлежности или характерности. Кугук — буквально «тот, кто связан с кугой»: либо живёт в зарослях камыша, либо работает с этим материалом. В словаре Б. Унбегауна подобные модели описаны как типичные для прозвищ, образованных от названий растений и ремёсел.

Фамилия редкая, сконцентрирована преимущественно в южных и центральных областях России — там, где распространены пойменные луга и озёра, где куга была привычным материалом для хозяйства. Ареал бытования фамилии подтверждает связь с диалектной лексикой: в рязанских и орловских говорах «кужить» — не просто слово, а бытовой термин, который мог дать прозвище мастеру. Так прозвище Кугук закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Кугуков.