Фамилия Кугутенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках массово вытесняла более архаичные окончания. Суффикс -енко в украинской ономастике означает «сын» или «потомок»: Кугутенко буквально — «сын Кугута». Вопрос в том, что скрывается за основой Кугут-.

Здесь возможны два основных объяснения, и оба связаны с украинскими говорами. Первое и самое вероятное: «кугут» — это диалектное название петуха. В юго-западных говорах Украины (особенно на Подолье, Буковине, Галичине) слово «кугут» (или «когут») означает именно петуха. В этом случае родоначальник фамилии получил прозвище Кугут за голосистость, задиристость, яркую внешность или любовь к ранним подъёмам — типичные для прозвищ, данных по поведению или характеру. Фамилия Кугутенко тогда означает «потомок того, кого прозвали Петухом».

Второе, менее распространённое, но тоже имеющее основания объяснение: «кугут» могло быть заимствованием из тюркских языков, где близкие корни означают «сила», «мощь» или «радость». Однако для украинской фамильной модели это объяснение выглядит натяжкой — тюркские заимствования в прозвищах встречаются, но обычно они связаны с конкретными реалиями (например, названиями должностей или оружия), а не с абстрактными понятиями. Версия с петухом и проще, и лучше подтверждается живым употреблением слова в украинских говорах.

Географически фамилия Кугутенко тяготеет к западным и центральным областям Украины: чаще всего её носители встречаются в Винницкой, Хмельницкой, Житомирской областях. Это логично — именно там диалектное «кугут» наиболее употребительно. В России фамилия редка и, скорее всего, связана с переселенцами с Украины.

Среди однокоренных фамилий — Когут, Когутенко, Кугуть, Кугутин. Разница в написании (о/у в первом слоге) отражает местные произносительные особенности: в одних говорах говорили «когут», в других — «кугут». Фамилия Кугутенко, таким образом, не имеет отношения ни к каким экзотическим или знатным корням — это типичное «петушиное» прозвище, которое закрепилось за родом и превратилось в фамилию по стандартной украинской модели. Никаких документальных свидетельств о дворянском происхождении или принадлежности к казацкой старшине у этой фамилии нет — в реестрах Запорожского войска и в списках шляхты она не встречается.