Фамилия Кукачкин — наглядный пример того, как простое прозвище, данное по поведению или внешности, закрепилось в роду и превратилось в фамилию. Её основа — слово «кукачка», которое в русских говорах имеет два основных значения. Первое — это «кукушка» (птица), второе, более редкое, — «кукла» или «пугало». В любом случае, прозвище Кукачка было образным: так могли назвать человека, который часто и монотонно повторял одно и то же (как кукушка), либо того, кто был неопрятен или смешно одевался.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: к основе «Кукачк-» добавили суффикс принадлежности «-ин». Суффикс указывает на то, что носитель фамилии — потомок человека по прозвищу Кукачка. В говорах, где «кукачка» означала куклу, прозвище могло относиться к мастеру-игрушечнику или, в переносном смысле, к человеку с кукольной, неестественной внешностью.

Самый вероятный путь возникновения фамилии — прозвище по сходству с птицей. В крестьянской среде прозвища, связанные с животными и птицами, были распространены повсеместно: они легко запоминались и метко характеризовали человека. Кукачка (кукушка) — птица заметная, с характерным голосом, поэтому прозвище могли дать говорливому, монотонному или, наоборот, одинокому человеку.

В современных базах данных фамилия Кукачкин встречается редко, что говорит о её локальном происхождении. Вероятнее всего, она возникла в одном из северных или центральных регионов России, где слово «кукачка» в значении «кукушка» было особенно употребительно. Других версий, например, от тюркских корней, для этой фамилии не существует — основа чисто славянская и прозрачная.