Фамилия Кукаев — один из тех случаев, когда за коротким звучанием скрывается целый веер возможных значений, и единого мнения о её происхождении нет. Всё упирается в основу — прозвище или имя Кукай, которое могло родиться в совершенно разных языковых средах.

Самая распространённая версия ведёт на Кавказ. По одной из гипотез, прозвище Кукай восходит к карачаево-балкарскому слову «кука» — «подхалим». Прозвище могло указывать на характер предка: льстивого, угодливого человека. По соседней, черкесской версии, в основе лежит слово «къуэкlэ» — «пасынок». Здесь прозвище было бы социальным, указывающим на неродного сына в семье. Обе гипотезы правдоподобны, но первая (от «кука») кажется более прямой, так как прозвища по поведению встречаются чаще, чем прозвища по родству.

Другая линия ведёт в степи. Есть мнение, что фамилия Кукаев может иметь калмыцкие корни, где «кука» означает «яйцо». Логика прозвища могла быть двоякой: либо предок торговал яйцами, либо получил прозвище по внешнему сходству — например, за лысину. Такие бытовые прозвища по товару или внешности — обычное дело в крестьянской среде.

Наконец, не стоит сбрасывать со счетов и тюркский пласт. Имя Кукай (или Кукей) могло означать «синий», «небесный». В тюркской традиции синий цвет символизировал небо и считался счастливым, поэтому таким именем могли нарекать ребёнка, желая ему удачи.

С точки зрения словообразования всё просто: к основе Кукай добавился русский патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Кукаев). Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного, как и тысячи других русских фамилий на -ов/-ев.

Географически фамилия Кукаев встречается нечасто, но заметна в регионах Северного Кавказа (особенно в Карачаево-Черкесии и Кабардино-Балкарии) и в Калмыкии, что косвенно подтверждает обе основные версии происхождения. Социальный состав носителей пёстрый — от крестьян до казаков, без привязки к одному сословию.