Фамилия Кунекова — женская форма от Кунеков, а её основа уводит нас в тюркские языки, скорее всего, в казахскую или башкирскую среду. В этих языках слово «кунек» (или «күнек») имеет несколько значений, но самое вероятное для прозвища — «ведро» или «сосуд для воды». Прозвище Кунек могли дать человеку, который делал или продавал такую посуду, либо тому, кого в шутку сравнивали с полным ведром — крепкого, плотного телосложения. Вторая версия связывает основу с «күн» — «солнце» или «день», тогда Кунек могло означать «солнечный», «ясный», но это менее типично для прозвищ.

Суффикс -ов (в мужской форме Кунеков) — стандартный русский патронимический показатель, который в XIX–XX веках массово присоединяли к тюркским именам и прозвищам при русификации. В женском варианте — Кунекова. Носители фамилии чаще всего встречаются в Оренбургской области, Башкортостане и северном Казахстане — регионах, где веками жили рядом русские и тюркские народы, обмениваясь именами и бытовой лексикой.

В отличие от многих фамилий с прозрачным славянским корнем, Кунекова почти не имеет аналогов в центральной России. Родственными можно считать фамилии Кунеев, Кунецкий, но они образованы от других основ. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) эта фамилия не фигурирует — её нет в классическом списке, что подтверждает её позднее оформление и региональный характер. Предки современных Кунековых, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками из смешанных русско-тюркских поселений, где прозвище Кунек закрепилось как фамильное имя уже при советской паспортизации.