Фамилия Кунегина образована от прозвища Кунега, а оно, в свою очередь, восходит к слову «куна». В Древней Руси куной называли не только пушного зверька (куницу), но и денежную единицу — её мех использовали для натурального обмена, а затем и как меру стоимости. Поэтому прозвище Кунега мог получить человек, связанный с добычей или продажей ценного меха. Потомка такого человека и стали называть Кунегиным, а в женском роде — Кунегина.

Модель образования фамилии простая: к основе прозвища Кунег- добавили типичный русский суффикс принадлежности -ин. Такие фамилии в центральной России указывали на родство: «чей?» — Кунегин, то есть сын или потомок Кунеги. В официальных документах XIX века фамилии с таким суффиксом чаще встречались у крестьян и мещан, чем у дворянства.

Интересно, что корень «кун-» в русских фамилиях редок и почти не встречается за пределами северных и центральных областей. Это косвенно подтверждает связь с пушным промыслом — он был развит именно в лесной полосе. Встречаются однокоренные фамилии Куницын, Кунеев, Кунаков, но Кунегина стоит особняком: суффикс -ег- в основе прозвища нехарактерен для стандартных «профессиональных» прозвищ. Возможно, это не просто указание на занятие, а личное прозвище, данное за сноровку, хитрость или внешнее сходство с куницей.

Других версий происхождения у этой фамилии нет — ни тюркских, ни финно-угорских корней здесь не прослеживается. Всё указывает на исконно русскую, бытовую основу, связанную с древним промыслом и торговлей.