Фамилия Кунегин, очевидно, восходит к существительному «куна» в значении «зверек, чей драгоценный мех служил для натурального обмена в Древней Руси, а затем появилась денежная единица «куна» (кунья мордка)». Скорее всего, предок человека с фамилией Кунегин занимался добычей или продажей ценного меха, за что и получил прозвище Кунега. В результате, потомки человека, обладающего прозвищем Кунега, со временем получили фамилию кунегин.