Фамилия Кунегин (и её более редкая форма Кунегины) образована по стандартной русской патронимической модели: к основе прозвища Кунега прибавили суффикс -ин, означающий «чей?» — то есть «сын Кунеги», «из рода Кунеги». Само прозвище Кунега, скорее всего, связано с существительным «куна». В Древней Руси куной называли не только пушного зверька (куницу), но и денежную единицу — куньи мордки использовали для натурального обмена. Значит, прозвище могли дать человеку, который занимался добычей или продажей ценного меха. Пушной промысел был делом прибыльным, и такое прозвище закреплялось за промысловиком или торговцем.

Впрочем, возможна и другая версия: в некоторых русских говорах «кунега» могло означать не только зверька, но и скупого, прижимистого человека — по аналогии с тем, как «куна» ассоциировалась с деньгами. Тогда прозвище носило бы уже не профессиональный, а характерологический оттенок. Какая из версий вернее для конкретной семьи, сейчас установить почти невозможно, но обе укладываются в логику народных прозвищ.

Фамилия Кунегин — довольно редкая. Она не входит в число массовых русских фамилий, и её география не широка. Встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, где пушной промысел был особенно развит, — например, в Вологодской и Архангельской областях. Это косвенно подтверждает «меховую» версию происхождения.

Словообразовательная модель с суффиксом -ин типична для фамилий, образованных от основ на -а, -я, поэтому Кунегин — фамилия недворянского, крестьянского или купеческого корня. Дворянские роды чаще оформлялись через -ов/-ев или -ский. Так что предки современных Кунегиных, скорее всего, были либо охотниками-промысловиками, либо мелкими торговцами пушниной.

Точное время появления фамилии назвать сложно: прозвища на -ега (как Кунега, Минега, Рунега) фиксируются в русских говорах с XVI–XVII веков, но фамилии из них оформились в основном к XVIII–XIX векам, когда крестьянам начали массово присваивать наследственные именования. Если ваша фамилия — Кунегины (во множественном числе), это просто старая форма родового имени, подчёркивающая, что речь идёт обо всей семье, а не об одном человеке.