Фамилия Кунекина — яркий пример того, как на основе редкого прозвища или неканонического имени могла возникнуть фамилия, искажённая временем и диалектами. Её основа, скорее всего, связана с диалектным словом «кунек» или «кунька». В говорах русского Севера, Сибири и Урала «кунькой» называли куницу, а также мех или шапку из её шкурки. Прозвище Кунек могли дать либо ловкому, юркому человеку (по ассоциации со зверьком), либо, что правдоподобнее, скорняку, торгующему куницей, или тому, кто носил характерную меховую шапку.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кунекин — это «сын Кунеки» или «человек из рода Кунеки». Форма Кунекин (а не Кунеков) подсказывает, что прозвище было на -а или -я: Кунека. Такие прозвища были типичны для северных и центральных областей России, где -ин — стандартный притяжательный суффикс для основ на -а.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским именем Кюнек или Кунек (означающим «солнечный» или «день»). Однако русская огласовка и суффикс -ин склоняют к версии о местном, промысловом прозвище. Фамилия редкая, не входит в сотни самых частых, что подтверждает её узколокальное происхождение — скорее всего, из одного или нескольких сёл на стыке Вологодской, Кировской или Пермской областей. Встречается преимущественно в России, без массового расселения за рубежом.

По сословной принадлежности предки Кунекиных в большинстве своём были государственными или помещичьими крестьянами, реже — мещанами. Фамилия не дворянская, не княжеская: её основа — бытовое прозвище, а не владельческое имя. Сегодня носительница фамилии Кунекина может считать, что её предок был человеком сметливым и хозяйственным — либо тем, кто знал толк в пушнине.