Фамилия Кунек — редкий случай, когда суффикс подсказывает происхождение точнее, чем корень. Окончание -ек здесь не уменьшительно-ласкательное (как в «котёнок»), а типичный западнославянский или украинский суффикс, который в русском языке часто заменялся на -ок. Если бы фамилия была исконно русской, мы бы ждали форму «Кунок» или «Кунков». А «Кунек» прямо указывает на украинские или белорусские земли, где этот суффикс сохранился.

Корень «кун» многозначен. Самое прозрачное объяснение — прозвище от слова «куна» (куница). В древности куница была не только пушным зверем, но и денежной единицей: шкурки куницы использовали для уплаты дани и торговли. Прозвище Куна мог получить ловкий, хитрый человек, либо тот, кто промышлял пушниной, либо просто должник или сборщик «кун» (налогов). От этого прозвища и пошёл Кунек — «сын Куны» или «маленький Куна».

Есть и вторая версия, менее очевидная, но исторически обоснованная. В тюркских языках «кун» означает «день» или «солнце», а в некоторых диалектах — «рабыня» (от «кюн»). На южных рубежах Руси, в казачьих областях, могли дать прозвище Кунек человеку, служившему «по солнцу» (например, пастуху, встававшему с рассветом), или же пришлому выходцу с Востока. Но эта версия слабее — фамилия встречается преимущественно в западных регионах бывшей Российской империи, где славянская этимология первична.

Сословно фамилия Кунек, скорее всего, принадлежала крестьянам или казакам. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет — это типичная «уличная» фамилия, которая закрепилась за одним родом в одном селе. Встречается она и в современной Польше, где «kune» могло быть вариантом прозвища от «kuna» (куница) или от немецкого «Kuhn» (смелый), что добавляет ещё один, германский след. Но для русского уха главное — звериный корень: предок носителя фамилии Кунек, скорее всего, имел отношение к кунице — либо охотился на неё, либо торговал её мехом.