Фамилия Кунекин — редкий случай, когда разбор лучше начать не с корня, а с суффикса. Модель на -екин встречается гораздо реже, чем стандартные -ов/-ев или -ин, и это сразу даёт подсказку: перед нами не просто «сын Кунека», а форма, образованная по архаичному образцу. В старорусском языке суффикс -ека (или -еко) был характерен для уменьшительно-ласкательных или пренебрежительных форм личных имён и прозвищ: Ванька, Петька, а рядом — Кунека. Соответственно, Кунекин — «чей?» — сын или потомок человека по прозвищу Кунека.

Основа «Кун-» в русских прозвищах многозначна, и здесь возможны две основные версии, причём обе правдоподобны. Первая: от слова «куна» — древнерусское название куницы, а также денежная единица (шкурка куницы служила мерилом стоимости). Прозвище Кунека мог получить либо ловкий, юркий, «куний» человек, либо тот, кто промышлял пушным зверем, либо, в переносном смысле, скуповатый или прижимистый — «куна» ассоциировалась с ценностью. Вторая версия: от тюркского имени Кунак или Кунек, что значит «гость», «пришелец». В южнорусских и казачьих областях, где смешение с тюркскими народами было обычным, прозвище Кунека (Кунак) давали пришлому человеку, чужаку, которого приняли в доме как гостя. Словарь тюркизмов в русском языке подтверждает, что «кунак» — это гость, друг, побратим.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью. В дореволюционных переписях Кунекины встречаются в основном среди крестьян Воронежской, Тамбовской и Саратовской губерний. Это косвенно подтверждает тюркскую версию: именно в этих краях оседали выходцы из Золотой Орды и позднейшие переселенцы с юго-востока. В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, образованная от прозвища, которое закрепилось за родоначальником где-то в XVII–XVIII веках.

Любопытно, что фамилия Кунекин не имеет однозначной пары в других славянских языках. Однокоренные Кунец, Куницкий — это уже вариации на тему «куница», но суффикс -екин выделяет именно русскую, причём диалектную, модель. Если бы основа была от имени Кузьма, мы бы получили Кузькин, а не Кунекин. Так что перед нами редкий случай, когда прозвище сохранило старую словообразовательную форму, не сглаженную позднейшей унификацией фамилий.