Фамилия Куницын — одна из тех, что образована напрямую от мирского имени, а не от прозвища или профессии. В её основе лежит нецерковное имя Куница, которое давали ребёнку в допетровской Руси. Название хищного лесного зверька с ценным темно-бурым мехом выбрали не случайно: родители надеялись, что природа примет младенца как своего, а полезные качества зверя — ловкость, хозяйственность, умение выживать — перейдут к человеку. Такая модель имянаречения была распространена у славян задолго до появления обязательных христианских имён.

Первое документальное упоминание имени Куница находим в «Ономастиконе» С.Б. Веселовского: Куница Григорий Афанасьев, подьячий, 1534 год. Это типичная запись для своего времени — имя фигурирует в деловых бумагах, а не в церковных книгах. Примечательно, что носитель имени уже не крестьянин, а служилый человек, подьячий, что говорит о широком социальном охвате мирских имён.

Словообразовательная модель проста: к основе Куниц- добавили типичный русский суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Куницын сын). Именно суффикс -ин, а не -ов, характерен для фамилий, образованных от названий животных, оканчивающихся на -а или -я: ср. Лисицын, Соболев (от Соболь), но Волков, Зайцев. Здесь работает правило: Куница → Куницын.

Интересно, что фамилия Куницын не получила широкого распространения в дворянской среде, в отличие, например, от Куракиных или Собакиных. Она оставалась фамилией людей служилых, посадских и крестьянских, что подтверждается и записью о подьячем XVI века. В XIX веке её носили купцы, мещане, духовенство — но никогда она не становилась «громкой» родовой фамилией с гербом.

Сегодня фамилия Куницын встречается по всей России, но заметно чаще — в центральных и северных регионах, где лесная куница была обычным зверем. В южных областях, где куница не водилась, фамилия почти не встречается, что косвенно подтверждает её «звериное» происхождение, а не, скажем, искусственное заимствование из книг.