Фамилия Куницин (в женском роде — Куницина) принадлежит к числу древнейших русских фамилий, образованных от мирского имени. В её основе лежит нецерковное имя Куница, которое давали ребёнку до крещения. Такие имена, заимствованные из мира животных, были широко распространены на Руси: родители верили, что имя-оберег поможет ребёнку перенять ловкость, хитрость или красоту зверька и сделает его «своим» для природы.

Однако здесь возможен и другой поворот — прозвище. Куницей могли называть не ребёнка, а взрослого человека: охотника, который промышлял пушного зверя, или купца, торговавшего дорогими куними мехами. Промысел куницы в средневековой Руси был делом прибыльным, а мех нередко заменял деньги при уплате дани или пошлин, так что прозвище могло указывать на род занятий, а не на внешность или характер.

Первое документальное упоминание имени находим в «Ономастиконе» С.Б. Веселовского: Куница Григорий Афанасьев, подьячий, 1534 год. Это показывает, что уже в начале XVI века имя бытовало среди служилых людей, а не только в крестьянской среде. Фамилия образовалась по стандартной модели: к основе «Куниц-» добавили суффикс принадлежности «-ин», указывающий на родство: «чей?» — «Куницин», то есть сын или потомок Куницы.

Интересно, что фамилия Куницин встречается и в дворянских родословных, и в крестьянских переписях — социального барьера у неё не было. А вот географически она чаще всего встречается в северных и центральных областях России, где куний промысел был особенно развит. Точное место и время возникновения фамилии для конкретной ветви назвать сложно: фамилии на «-ин» складывались на протяжении нескольких столетий, и у разных родов Кунициных могли быть разные корни и разная география.