Фамилия Кунуспаев — редкий пример, когда основа фамилии не поддаётся однозначной славянской или тюркской расшифровке без обращения к конкретному языковому ареалу. Судя по суффиксу -ев, фамилия оформлена по русской патронимической модели: так называемые «притяжательные» фамилии на -ев/-ов образовывались от имени или прозвища отца. В данном случае исходная форма — Кунуспай, где -пай — типичный тюркский компонент, означающий «господин», «богач» или «владыка» (ср. Алпай, Ишпай, Кутлыпай). Первая часть, Кунус, скорее всего, восходит к личному имени. В казахском и башкирском языках встречается имя Қоңыс (Коныс), что значит «поселение», «стоянка», «место жительства». Если это так, то Кунуспай — «господин поселения», «хозяин стоянки», то есть прозвище или имя, указывавшее на статус человека, владевшего землёй или отвечавшего за кочевье.

Однако есть и другая версия. В некоторых тюркских диалектах «кунус» (или «куныс») может быть искажённым вариантом слова «күн» — «солнце», «день». Тогда Кунуспай — «солнечный господин», «светлый владыка», что тоже правдоподобно для личного имени-пожелания. Третий, менее вероятный вариант — связь с арабским «кунуз» (сокровища), но фонетически это менее убедительно.

Географически фамилия Кунуспаев наиболее характерна для казахской и башкирской среды, встречается также у татар и ногайцев. В русских документах она закрепилась в XIX — начале XX века, когда представители кочевых народов получали фамилии по отцу при переходе к оседлости и записи в метрические книги. Социальный контекст: носители фамилии, скорее всего, происходили из скотоводческих или земледельческих семей, где именем Кунуспай нарекали либо старшего в роду, либо человека, который основал новый аул или зимовку.

Особенность написания — ударение, скорее всего, падает на второй слог: Куну́спаев. Форма без удвоения «н» и с буквой «у» в первом слоге отличает её от похожих фамилий вроде Коныспаев (с буквой «о»), что указывает на местный диалектный или фонетический вариант. В целом фамилия Кунуспаев — не просто отчество, а застывшее указание на социальную роль предка: человека, который «держал» место или был уважаемым хозяином.