Фамилия Куныгина — женская форма фамилии Куныгин, и её происхождение не так очевидно, как может показаться на первый взгляд. В основе лежит нецерковное имя или прозвище Куныга, которое в русских говорах имело несколько значений. Самое вероятное — связь со словом «куна»: так в Древней Руси называли куницу, а её шкурка служила денежной единицей. Соответственно, Куныгой могли прозвать человека, промышлявшего охотой на куницу, либо торговца пушниной, либо просто того, кто был «дорог», как куна, — в переносном смысле. Менее распространённая версия выводит прозвище от диалектного «куныгать» — капризничать, ныть, но это предположение слабее: фамилии от таких глаголов обычно имеют суффикс -аев/-яев, а не -ыгин.

Суффикс -ыгин в русских фамилиях встречается реже, чем стандартный -ин или -ов. Он характерен для северных и северо-восточных регионов, особенно для Вятской и Пермской губерний, а также для Поволжья. Там прозвищные формы на -ыга (Куныга, Болдыга, Брызга) были более употребительны, чем в центральной России. Таким образом, носитель фамилии Куныгин (а значит, и Куныгина) с высокой вероятностью происходил из крестьянской или посадской среды Русского Севера или Приуралья, где сохранялись архаичные модели образования фамилий.

Примечательно, что в некоторых говорах слово «куна» также означало «бедный, несчастный человек» — возможно, это ироничное прозвище, данное тому, кто не имел ни денег, ни удачи. В ономастике такие случаи нередки: фамилия, звучащая как «драгоценная», могла быть дана с противоположным смыслом. Однако основная версия, подкреплённая данными по географии фамилии, остаётся «промысловой»: предок Куныгиных был либо охотником на пушного зверя, либо менялой-менялой, имевшим дело с кунами-деньгами.

Встречаемость фамилии Куныгина сегодня невысока, что подтверждает её локальное происхождение. Наибольшее число носителей зафиксировано в Кировской области и Удмуртии, что хорошо согласуется с диалектной зоной распространения прозвища Куныга. В документах XVII–XVIII веков эта фамилия не фигурирует в числе дворянских, что косвенно указывает на её крестьянские или однодворческие корни.