Фамилия Купанин — один из примеров, где внешне прозрачный корень скрывает сразу несколько возможных историй. Самая очевидная версия отсылает к глаголу «купать»: прозвище Купаня могли дать любителю купаться, банщику или человеку, жившему у воды. Однако в русских говорах у слова «купан» было и другое значение — так называли яйцо, сваренное без скорлупы, а в некоторых местах — нечто рыхлое, вздувшееся. Поэтому прозвище могло относиться к внешности или характеру.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Купанин — «сын Купани» или «человек из семьи Купаниных». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин так же распространены, как на -ов. В южных регионах и на Украине та же основа превратилась бы в Купаненко или Купанов.

Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с гидронимом. В бассейне Волги есть несколько небольших речек с названием Купанка или Купана. В таком случае Купанин — это «живущий на реке Купане», то есть топонимическая фамилия, образованная по той же модели, что и Москвин или Тверитин.

Фамилия редкая и не имеет известных дворянских родов. По переписям XIX века Купанины встречаются в основном в Вятской и Костромской губерниях — это регионы плотного бытования фамилий на -ин. Встречается также вариант написания Купанинъ (с твёрдым знаком в дореволюционных записях), но он не меняет ни произношения, ни происхождения.