Фамилия Купетис — пример редкой для России модели, которая напрямую указывает на литовские корни. Её основа — прозвище, восходящее к литовскому глаголу kuopti, что значит «чистить», «убирать», «приводить в порядок». Такое прозвище, скорее всего, давали человеку, который отличался чистоплотностью, аккуратностью в быту или в работе. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, -ин, фамилия Купетис сохранила литовский суффикс -ис, который в литовском языке является типичным окончанием имён существительных мужского рода в именительном падеже. Это говорит о том, что фамилия не прошла через стандартную русскую адаптацию, а бытовала в среде, где сохранялся литовский язык. Географически такая фамилия могла закрепиться на территориях, исторически связанных с Великим княжеством Литовским — в современной Литве, Беларуси, а также на западе России, в частности в Калининградской области. Поскольку глагол kuopti относится к бытовой лексике, прозвище могло закрепиться за человеком, чья профессия была связана с уборкой или наведением порядка, либо просто за опрятным хозяином. Встречается также вариант написания Купетис, где ударение может падать на второй слог.