Фамилия Купиянина — редкий случай, когда женская форма закрепилась в качестве основной, а мужской вариант (Купиянин) почти не встречается. Это сразу подсказывает, что перед нами не типичная «отчества» на -ов/-ев, а более поздняя модель, где фамилия могла закрепиться за женщиной (например, вдовой) или образована от прозвища через суффикс -ин, который и в женском роде даёт то же окончание.

Корень фамилии — «купи-». Самое прямое объяснение — от глагола «купить». В древнерусском языке «купия» (или «купий») могло означать нечто купленное, приобретённое, а также человека, который что-то купил или был куплен сам. В XV–XVII веках на Руси существовали прозвища Купля, Купленник, Купленный — их давали либо подкидышам (как бы «купленным» у судьбы), либо людям, выкупившимся из холопства, либо просто тем, кто отличался торговой жилкой. Фамилия Купиянина могла возникнуть от такой основы с суффиксом -ян(ин), который обозначает принадлежность к местности или группе: «купиянин» — человек из рода Купи, выходец из местности, связанной с куплей.

Есть и альтернативная, более прозаичная версия: фамилия могла произойти от имени Куприян (разговорная форма Киприан) через усечение и переосмысление. Куприян → Купря → Купя → Купия. Однако суффикс -янин здесь редкость для личных имён, так что версия с прозвищем выглядит убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где -ин и -янин были продуктивны. Встречается в Вологодской, Костромской, Ярославской губерниях. В XIX веке Купиянины — чаще крестьяне или мещане, без дворянского корня. Сословный статус невысокий, что косвенно подтверждает бытовое, а не книжное происхождение фамилии.

Написание с двумя «и» (Купиянина, а не Купьянина) — архаичная черта, сохранившаяся в документах. В современных вариантах иногда пишут через «ь», но исходная форма с «и» указывает на старую орфографию, где «и» могло читаться как долгий звук или обозначать йотированное произношение.