Фамилия Купташкин образована от прозвища Купташка. В основе лежит чувашское слово, означающее «рассоха (часть сохи); чурбан, обрубок дерева, плаха». Такое прозвище мог получить человек, связанный с лесом или земледелием: лесник, лесоруб, дровосек или крестьянин, работавший с сохой.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Купташкин буквально значит «сын Купташки» или «потомок Купташки». Модель образования типична для восточнославянских фамилий, но основа здесь — не русская, что выдает чувашские корни рода.

В чувашском языке слово «купташ» имеет несколько значений, объединённых идеей грубой обработки дерева: от детали сохи до обрубка. Прозвище Купташка могло закрепиться за человеком плотного телосложения или за тем, кто постоянно работал с топором. Вторая версия — прозвище дали по характеру: «чурбаном» в переносном смысле называли упрямого или нерасторопного человека. Но первая, «профессиональная», выглядит правдоподобнее: фамилии от названий ремесла встречаются чаще, чем от обидных прозвищ.

Фамилия редкая, сконцентрирована в Поволжье — в Чувашии, Татарстане, Ульяновской и Самарской областях. Это подтверждает её происхождение от чувашского корня. Встречаются варианты написания Купташкин и Купташкина (женская форма), а также Купташков — с типично русским суффиксом -ов вместо -ин.