Фамилия Кургенов — редкая и непрозрачная на первый взгляд. Её основа, «Курген», не встречается в списке распространённых древнерусских имён или прозвищ, поэтому искать происхождение стоит в тюркских языках. Скорее всего, в основе лежит тюркское слово «курган» — древняя могильная насыпь, холм. Прозвище Курган могли дать человеку, жившему у такого кургана, или же крепкому, плотному мужчине, которого сравнивали с насыпью. Переход «а» в «е» (Курган → Курген) — типичное явление для некоторых тюркских диалектов или результат адаптации при записи фамилии в русских документах.

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с монгольским «хургэн» (зять, жених), но в русской передаче это слово обычно даёт фамилию Хургенов, а не Кургенов. Тюркское происхождение выглядит убедительнее, так как фамилии на -ов от тюркских основ — массовое явление в южнорусских и поволжских регионах.

Суффикс -ов указывает на классическую русскую патронимическую модель: сын Кургена. Это значит, что первого носителя фамилии — крестьянина или посадского человека — в документах записали по отцу, которого в быту звали Курген (от тюркского «курган»). Сословная принадлежность, скорее всего, крестьянская или казачья: такие фамилии редко встречались у дворян, которые чаще получали фамилии от географических названий или вотчин.

Географически фамилия Кургенов тяготеет к регионам с сильным тюркским влиянием: Оренбуржье, Башкортостан, Татарстан, а также к казачьим областям Урала. Если ваши предки оттуда, версия с курганом почти наверняка верна. Встречается фамилия и в Забайкалье — там могли сыграть роль бурятские или монгольские корни, но это уже единичные случаи.

Однокоренные фамилии — Курганов, Кургановский, Курганский — встречаются гораздо чаще. Кургенов выделяется из этого ряда именно огласовкой, что делает её диалектной или поздней записью.