Фамилия Курнакина — женская форма фамилии Курнакин, которая образована по русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Курнакин — это «сын Курнаки» или «человек из семьи Курнаки». Основа фамилии — прозвище или некалендарное имя Курнака.

Корень «курн-» встречается в русских говорах в нескольких значениях. В южнорусских и украинских диалектах «курнак» могли называть человека с курносым носом — отсюда и современное слово «курносый». Но есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых областях «курнаком» называли короткую крестьянскую шубу или тулуп, сшитый из овчины. Прозвище Курнака мог получить тот, кто носил такую одежду, либо мастер, который её шил. Таким образом, фамилия могла возникнуть и в среде портных или скорняков.

Словообразовательная модель с суффиксом -ак/-як характерна для прозвищ, описывающих внешность или привычку — вспомните фамилии Гуляка, Кривляка, Вертяка. В случае с Курнакиным основа получила уменьшительно-ласкательный суффикс -к-, что превратило исходное «курной» или «курносый» в более мягкое «Курнака».

Географически фамилия Курнакин и её женская форма Курнакина чаще всего встречаются в центральных и южных областях России, а также на Украине. В дореволюционных переписях носители фамилии фиксировались в основном среди крестьян и мещан. Дворянских родов с такой фамилией не отмечено, что говорит о её народном, а не искусственном происхождении.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Курнакин стоит в одном ряду с Курносовым, Курносым и Курнаковым. Последняя, кстати, могла образоваться не от прозвища, а от тюркского имени Курнак (в переводе с татарского — «смелый, отважный»), что делает фамилию Курнакина потенциально двукоренной: либо из русского диалектного слова, либо из тюркского личного имени. Первая версия для русской фамилии вероятнее, но полностью исключать тюркские корни не стоит, особенно если семья родом из Поволжья.