Фамилия Курнаковы происходит от прозвища Курнак. В вологодских говорах так называли «плохого песенника» — человека, который поёт фальшиво, не в голос или бормочет себе под нос. Слово закрепилось за тем, кто постоянно мурлыкал что-то вполголоса или просто не умел петь, но любил это дело. Прозвище стало бытовым именем, а затем перешло в фамилию по модели «чей?» — Курнаков, то есть сын или потомок Курнака.

Суффикс -ов в фамилии указывает на древнейший способ образования русских фамилий — от отчества или прозвища отца. Такая модель преобладала в центральных и северных губерниях России. Вологодское происхождение основы говорит о том, что предки Курнаковых могли быть крестьянами или посадскими людьми Русского Севера, где диалектная лексика сохранялась особенно долго.

Есть и другая, менее вероятная версия: в некоторых южнорусских и украинских говорах «курнак» означало короткий тулуп или безрукавку. Тогда прозвище мог получить человек, носивший такую одежду, или портной, который её шил. Однако вологодское значение надёжнее подкреплено диалектными словарями, поэтому основная гипотеза — песенная.

Самая известная фигура с этой фамилией — Николай Семёнович Курнаков (1860–1941). Он создал физико-химический анализ, был академиком Петербургской академии наук и АН СССР, лауреатом Сталинской премии. Его заслуги в науке сделали фамилию узнаваемой, но сама она остаётся сравнительно редкой.

Точное время возникновения фамилии Курнаковы назвать сложно: такие прозвищные фамилии массово оформлялись в XVII–XIX веках, но в каждом роду — своя история. Для окончательного выяснения корней нужны генеалогические разыскания по конкретной ветви.