Фамилия Курнакин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с характером или внешностью, а с конкретным действием или состоянием. Корень здесь — «курнак» или, в южнорусских говорах, «курнатый». В словарях Даля и местных диалектных сборниках это слово означает «куцый», «бесхвостый» — обычно о домашней птице (курице или петухе), реже о собаке. Человек с таким прозвищем мог либо держать кур с обрубленными хвостами (была и такая деревенская примета или способ мечения), либо сам ходить в куцей, короткой одежде, либо просто быть невысоким и коренастым — «куцым» в переносном смысле.

Суффикс «-ин» указывает на типичную восточнославянскую модель: «чей?» — сын Курнака. В отличие от фамилий на «-ов», которые чаще образовывались от мирских имён и профессий (Кузнецов, Попов), «-ин» закрепился за прозвищами, оканчивающимися на согласный, и за матронимами (редкий случай, но здесь не он). Интересно, что фамилия не получила широкого распространения. Если заглянуть в списки однодворцев и крестьян южных губерний (Тамбовской, Воронежской, Курской), там изредка встречаются Курнаковы и Курнаткины. Курнакины же — более редкий вариант, возможно, закрепившийся в конкретной местности, где прозвище «Курнак» носил один родоначальник.

Вторая, менее вероятная версия — связь с тюркским словом «курнак» (в некоторых диалектах — «кувшин», «сосуд для воды»). Но эта гипотеза слабая: фамилии от названий утвари у русских образуются через суффикс «-ник» (Кувшинников), а не «-ак»/-як». К тому же в списках казанских и сибирских татар подобных фамилий почти нет. Поэтому версия с «куцым» остаётся основной.

Социально Курнакины почти наверняка были крестьянами или однодворцами (государственными крестьянами южных окраин России). Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» или в гербовниках не значится. В метрических книгах XIX века фамилия встречается эпизодически, и её носители — люди без особого статуса. Фамилия не угасла, но осталась малочисленной, что делает её ценным маркером для генеалогического поиска: любой Курнакин, скорее всего, происходит из одного компактного гнезда предков, а не из разрозненных родов.