Фамилия Кушилина — женская форма, а мужская, Кушилин, образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от основы на -а или -я с помощью суффикса -ин. Такие фамилии обычно указывали на родство: Кушилин — «чей?» — «сын Кушилы» или «человек из семьи Кушилы». Значит, ключ к происхождению — прозвище Кушила, которое и легло в основу.

Что могло означать это прозвище? Самое прямое объяснение — от глагола «кушать», «кушивать». В старых говорах слово «кушила» или «кушило» могло относиться к человеку с хорошим аппетитом, любителю поесть, а иногда — к тому, кто кормит, хлебосольному хозяину. Но есть и менее очевидная версия: в некоторых диалектах «куша» — это большая корзина, кузов. Тогда Кушила — прозвище корзинщика или торговца, носившего товар в кузове. Филолог Б. Унбегаун в своём словаре русских фамилий упоминает подобные модели, где основа связана с бытовыми реалиями, но отдельного разбора «Кушилин» у него нет — фамилия редкая, не попавшая в основные своды.

Интересна география. Фамилия Кушилина встречается в основном в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской, Тамбовской и Рязанской губерниях. Это регионы, где активно бытовали прозвища от глагольных форм с суффиксом -ил- (типа «ходила», «носила»). Такие прозвища часто давали людям за характерную привычку или занятие: Кушила — тот, кто много и вкусно ест или, наоборот, кормит других.

Важно не путать с фамилией Кушалин — та образована от топонима Кушалино, села в Тверской области. У Кушилина же корень чисто прозвищный, без географической привязки к конкретному поселению. Сравните с однокоренными: Кушаков, Кушелев — все они от «кушать», но с разными суффиксами. Кушилин — самая редкая из этой группы, что делает её особенно интересной для локальной истории: скорее всего, предки носителей этой фамилии жили в одном или нескольких соседних сёлах, где прозвище прижилось и передалось по наследству.