Фамилия Кушимаева образована от мужской формы Кушимаев, а та, в свою очередь, — от имени или прозвища Кушимай. Словообразовательная модель здесь классическая для тюркских фамилий: основа на -ай (как, например, в фамилиях Акмаев, Батаев) плюс русский патронимический суффикс -ев, который влился в фамилию при адаптации в документах Российской империи. Суффикс -ай в тюркских именах часто выполнял ласкательную или уменьшительную функцию, поэтому Кушимай — это, скорее всего, не полное имя, а его обиходная форма.

Корень «куш» имеет несколько значений в тюркских языках. Самое распространенное — «птица» (в казахском, киргизском, башкирском, татарском). В этом случае Кушимай можно перевести как «птичка», «пташка» — ласковое прозвище для подвижного, легкого на подъем человека или, возможно, для охотника, державшего ловчих птиц. Однако в некоторых тюркских диалектах «куш» означает также «пара», «двойня» — тогда прозвище могли дать кому-то из двойняшек или человеку, родившемуся в паре.

Географически фамилия наиболее характерна для народов Северного Кавказа, в частности для кумыков, а также встречается у ногайцев. У кумыков фамилии с окончанием на -ев и основой на -ай — одна из самых распространенных моделей. Стоит отметить, что в кумыкском языке есть и имя Кушу, и производные от него, так что Кушимай могло быть вариантом имени Кушу с добавлением ласкательного аффикса.

Версия о происхождении от арабского имени Кушайр (уменьшительное от «кушр» — кожура, корка) маловероятна: в тюркской среде такие имена не прижились, а фонетика фамилии указывает на тюркский, а не арабский корень. Таким образом, предок носителя фамилии Кушимаев, скорее всего, жил в кумыкской или ногайской среде и получил прозвище либо за сходство с птицей, либо по семейному признаку двойни.