Фамилия Кусиня — редкий случай, когда географический акцент заметен даже в письменной форме. Ударение, скорее всего, падает на последний слог: Кусиня́. Такое окончание на -ня выдает в фамилии выходца с запада славянского мира — из Беларуси или Украины, реже из южных областей России. В центральной и северной России фамилии на -иня единичны, а здесь мы имеем дело именно с такой моделью.

Основа фамилии — Куся. Это не полное имя, а уменьшительная, домашняя форма. В западнорусских говорах и в белорусском языке Куся — ласковое обращение к человеку по имени Кузьма. Полное имя Кузьма (каноническое Косма) означает «мир, порядок» или «украшение» (от греческого kosmos), но в быту оно давно обросло множеством производных: Кузя, Кузька, Кусик, Куся. Фамилия Кусиня, таким образом, означает «чей-то Куся» — сын, внук или человек из семьи Куси. Суффикс -иня в данном случае выполняет роль притяжательного окончания, аналогичного русскому -ин, но в местной диалектной огласовке.

Есть и менее очевидная версия. В некоторых говорах «куся» могло быть прозвищем, данным по поведению или внешности. Например, от глагола «кусить» (кусать) или от слова «кус» — кусок, ломоть. Тогда прозвище Куся мог получить либо человек с привычкой огрызаться, либо, наоборот, тот, кто любил поесть или был плотного телосложения. Однако связь с именем Кузьма встречается по документам гораздо чаще, и она надежнее.

Сословная принадлежность носителей фамилии Кусиня не прослеживается по одному корню — это мог быть и крестьянин, и мещанин, и казак. Фамилия недворянская по форме (без типичных дворянских суффиксов -ский/-ской), но это ничего не говорит о статусе конкретного рода. Встречается она преимущественно в Гомельской, Могилевской областях Беларуси и в прилегающих районах Смоленщины и Брянщины. Если искать корни, стоит обратить внимание на эти земли.