Фамилия Кустубаев образована от тюркского имени Кустубай, которое является фонетическим вариантом имени Кыстаубай. Как и большинство восточных имен, оно состоит из двух частей: Кыстау и Бай. Первая из них восходит к нарицательному «кыстау» - «зимнее пастбище». Дело в том, что у кочевников существовало четыре вида пастбищ, соответствующих четырем временам года: Кыстау, Коктеу, Джайляу, Кузеу. Второй компонент фамилии – «бай» - переводится на русский язык как «богатый хозяин, могущественный человек, господин». Следует отметить, что баем в Средней Азии, Казахстане, Якутии, на Алтае и отчасти на Кавказе называли крупного землевладельца (или скотовладельца). Скорее всего, имя Кустубай получил ребенок, рожденный зимой (то есть на «зимнем пастбище»). Так, в Книге памяти Республики Башкортостан записаны Кустубаев Загит, который родился в 1886 году (Башкирия, Белорецкий р-н, д. Махмутово), и Кустубаев Нигмат Гатиятович, рожденный в 1885 году там же.