Фамилия Кустабаева — яркий пример русской «макаронической» фамилии, образованной по тюркскому корню, но с помощью русского патронимического суффикса. В основе лежит мужская фамилия Кустабаев, а женская форма появилась как естественное склонение по модели «Иванов — Иванова». Чтобы понять корень, нужно отбросить типичный для русских фамилий суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного) и окончание -а. Получаем основу Кустабай.

Самая правдоподобная версия: «Кустабай» — это сложное тюркское имя. Первая часть «куста» восходит к тюркскому «кус» (птица), а вторая — «бай» (богатый, господин, хозяин). Соединившись, они могли означать «богатый птицей» или «хозяин птиц» — возможно, прозвище сокольника, охотника с ловчей птицей, или просто метафора, указывающая на удачливого, «пархающего» человека. У многих тюркских народов имена с компонентом «куш/кус» (птица) — не редкость, они символизировали свободу, зоркость или связь с небом.

Альтернативная, но менее вероятная гипотеза связывает основу с тюркским «куста» в значении «заставлять», «велеть» — тогда имя могло означать «приказывающий господин», но эта версия слабая, так как глагольные формы в именах встречаются реже, чем именные.

Географически фамилия Кустабаева тяготеет к южным регионам бывшей Российской империи — Казахстану, Киргизии, Башкортостану. Это указывает на то, что предок носителя фамилии был крещеным или принявшим православие тюрком, которому при записи в метрическую книгу дали фамилию по имени отца (Кустабай + русский суффикс принадлежности -ев). Социальный слой — скорее всего, выходцы из крестьян или казачьих сословий, где тюркские имена были обычным явлением.

В русской ономастике фамилия редкая, её уникальность — в сочетании «птичьего» корня с типично русским оформлением, что делает её «документом» о межэтнических контактах XVI–XIX веков. Никаких известных исторических личностей с такой фамилией не зафиксировано, но этимология ясна: предок был Кустабаем, то есть человеком, чьё имя или прозвище было связано с птицами и достатком.