Фамилия Кусукина — женская форма фамилии Кусукин, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Суффикс -ин указывает на притяжательное значение: в древнерусском языке так образовывали фамилии от слов, оканчивающихся на -а или -я. Кусукин — значит «сын Кусуки» или «человек из рода Кусуки». Мужская форма встречается редко, и в целом фамилия относится к числу малораспространённых, что уже делает её интересной для этимолога.

Основа «Кусук-» почти наверняка восходит к прозвищу или неканоническому имени Кусука. В русских говорах слово «кус» имело несколько значений: от «кусок, часть» до «укус» или «кусание». Прозвище Кусука могли дать человеку с маленьким ростом («кусок» в переносном смысле), тому, кто любил перекусывать, или, наоборот, сварливому, «кусачему» по характеру. В ономастике известна модель, когда прозвище на -ка (Кусука) становилось основой для фамилии — это типично для северорусских и сибирских регионов, где в XVI–XVII веках активно использовали уменьшительно-пренебрежительные формы имён и прозвищ.

Словообразовательный ряд подтверждает эту версию: существуют фамилии Кусакин, Кусаков, Кусков — все они от одного корня «кус-», но с разными суффиксами. Кусукин отличается суффиксом -ук-, который в русских фамилиях встречается реже, чем -ак- или -ов-. Этот суффикс мог указывать на принадлежность к чему-то или на уменьшительность: Кусука — буквально «маленький кус» или «кусочек». В украинской и белорусской традиции суффикс -ук- типичен для фамилий (например, Ковальчук), но в русском языке он скорее указывает на северное или северо-восточное происхождение носителя.

Географически фамилия Кусукина встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Архангельской, Кировской областях, а также в Поволжье. Это косвенно подтверждает связь с северорусской моделью прозвищ. В сословном отношении предки Кусукиных, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — фамилии с суффиксом -ин в массе своей принадлежали непривилегированным слоям, в отличие от дворянских фамилий на -ский.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» аналогичные образования (Кусков, Кусакин) разбираются как производные от прозвищ со значением «кусающий» или «откусанный кусок». Для Кусукина прямого упоминания в авторитетных справочниках нет, но модель образования полностью укладывается в описанную схему. Если и есть альтернатива, то только экзотическая: тюркское происхождение от слова «кус» (птица) с добавлением уменьшительного суффикса — но для этого нет фонетических оснований, так как в тюркских языках «кусук» не фиксируется как личное имя.

Итог: фамилия Кусукина — редкая, северорусская по происхождению, образована от прозвища Кусука, которое, вероятно, описывало внешность или характер человека. Носительница фамилии может с большой уверенностью связывать своих предков с крестьянским населением Русского Севера или Вятки.