Фамилия Кусина хранит память о прозвище дальнего предка — Куса. В основе этого прозвища лежит древняя славянская основа «кус», означающая «кусок» или «часть». На это указывают параллели в белорусском, древнерусском, болгарском, сербохорватском, чешском и словацком языках. Скорее всего, прозвище Куса получил человек, владевший частью чего-либо — земли, дома или иного имущества.

Есть и другая версия, не менее убедительная. Она отсылает к польскому слову kusy — «куцый», «короткий», «кургузый». В этом случае прозвище указывало на внешность: так могли назвать человека невысокого роста или с какой-либо телесной особенностью. Третья, более редкая гипотеза, связывает прозвище с литовским kuosa — «галка». Если это так, то прозвище могло отражать цвет волос (темный, как оперение птицы) или особенности поведения.

Какая из версий верна для конкретной ветви рода — сказать трудно. Ясно одно: прозвище Куса было настолько употребительным, что закрепилось за человеком, а его потомки стали Кусиными. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — «Кусин», то есть сын или потомок Кусы. По этой модели в русском языке образованы тысячи фамилий от прозвищ и мирских имён, оканчивающихся на -а.

В отличие от многих фамилий на -ов/-ев, фамилии на -ин чаще встречаются в северных и центральных регионах России. Это косвенно указывает на возможную географию происхождения рода Кусиных.