Фамилия Кутпидинов — редкая и неочевидная для носителя русского языка. Если отбросить суффикс, корень «Кутпидин» звучит неестественно для славянского уха и явно указывает на иноязычное происхождение. Скорее всего, перед нами пример русификации тюркского или кавказского имени или прозвища через добавление фамильного суффикса -ов.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркским мужским именем Кутпидин. Оно сложное, состоит из двух частей: «кут» (счастье, благодать, удача) и «пидин» — искажённая форма арабского «дин» (вера, религия). Таким образом, Кутпидин означает «счастье веры» или «благодать религии». Подобные имена (Кутдус, Кутлыахмет) были распространены у татар, башкир и народов Средней Азии, где ислам соединялся с древними тюркскими представлениями об удаче. В русской среде такое имя переделали по привычной модели: Кутпидин + суффикс принадлежности -ов, что дало фамилию «сын Кутпидина» или просто «Кутпидиновы».

Встречается и менее убедительная гипотеза, что в основе лежит казахское или киргизское слово «құтпы» (счастливый) с добавлением аффикса принадлежности. Но тогда исходная форма была бы Кутпиев или Кутпин, а не Кутпидин. Наличие полной трёхсложной основы «Кутпидин» надёжнее связывать именно с личным именем.

Географически фамилия Кутпидинов встречается в основном в Оренбургской области, Башкортостане и в Казахстане — в зоне исторического расселения татар и башкир, а также в среде казахов, принявших русское делопроизводство. Носители фамилии, вероятно, происходят из крещёных татар или из мусульманских семей, где имя давали в честь религиозного понятия, а при записи в метрические книги или при советской паспортизации его закрепили в виде фамилии.

Написание с двумя «и» — Кутпидинов, а не Кутпидиннов — стандартно для русского языка: в таких заимствованиях удвоение согласных не сохраняется. С точки зрения словообразования фамилия прозрачна: основа + суффикс -ов, никаких редких суффиксов вроде -их или -ский здесь нет. Это фамилия-патроним, указывающая на предка по имени, а не по прозвищу или профессии.