Фамилия Кутпидинова — женская форма, а мужская, Кутпидинов, образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов. Такая модель типична для фамилий, которые складывались в XVI–XIX веках у разных народов России, входивших в состав империи: к тюркскому или кавказскому имени или прозвищу добавляли русский патронимический суффикс, и так фиксировали род.

Основа фамилии — имя Кутпидин. Это составное тюркское имя, и здесь возможны два прочтения. Первое: «Кут» (счастье, благодать, удача) + «пидин» (искажённое «бидин» — «знающий», «ведающий»). В таком случае имя означало бы «знающий счастье» или «ведающий удачу». Второе, более вероятное: вторая часть восходит к арабскому «дин» (вера, религия), широко распространённому в мусульманских именах (ср. Шамсутдин, Нуртдин). Тогда Кутпидин — это «счастье веры» или «благодать религии». Имя Кутпидин (и его варианты Кутбидин, Кутбуддин) встречается у татар, башкир, у народов Дагестана — в среде, где исламские имена смешивались с тюркской основой «кут».

Географически фамилия Кутпидиновы тяготеет к Поволжью и Предуралью. По данным открытых телефонных справочников и архивов ЗАГС, большинство носителей живёт в Оренбургской области, в Башкортостане и в Татарстане. Это указывает на башкирское или татарское происхождение рода. В дореволюционной России такие фамилии часто получали муллы, сельские старосты или грамотные крестьяне — те, кто первым попал в переписные листы, где имя записывали по-русски с фамильным окончанием.

Редкий суффикс в этой фамилии не заметен, но само сочетание «Кутпидин» — нечастое. В отличие от массовых Габдуллиных или Хайруллиных, Кутпидиновы сохранили менее стандартную форму, что может говорить о локальной традиции именования или о том, что предок нёс это имя как личное, а не родовое прозвище. Сословно, скорее всего, это были государственные крестьяне или тептяри — категория населения, которая платила подати, но не была крепостной.