Фамилия Кутышкина (и её мужская форма Кутышкин) — это типичный пример русской фамилии, образованной от прозвища. Основа здесь — прозвище Кутышка. В нём слышится отголосок глагола «кутать»: кутышкой в народе называли того, кто постоянно кутается, одевается слишком тепло, не по погоде. Чаще всего так говорили про ребёнка, которого родители укутывали чересчур старательно, но прозвище могло закрепиться и за взрослым — зябким или просто любившим тепло одеться человеком.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Кутышкин — это «сын Кутышки» или «человек из семьи Кутышки». Такая модель (прозвище на -а/-я + суффикс -ин) была одной из самых распространённых в северных и центральных русских землях, особенно в крестьянской среде. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от имён или названий профессий, фамилии на -ин чаще фиксировали индивидуальное прозвище, личную черту.

В говорах слово «кутышка» имело и другое значение — так называли узелок, свёрток, что-то завёрнутое. Это добавляет ещё один возможный оттенок: прозвище могли дать не только за манеру одеваться, но и за привычку носить с собой множество узелков, мешков или за неопрятный, «скукоженный» вид. Впрочем, версия с «кутающимся» человеком выглядит более прямой и правдоподобной.

Фамилия Кутышкин — нечастая, но встречается в разных регионах России, что говорит о её давнем бытовании. Она не принадлежала дворянским родам и не попала в родословные книги — это фамилия простых людей, крестьян или мещан, у которых прозвище закрепилось в официальных документах после отмены крепостного права. Именно эта непритязательная, бытовая основа и делает её ценной: за ней стоит не генеалогическая легенда, а живая деталь повседневности — чья-то привычка кутаться, которую заметили и запомнили соседи.