Фамилия Кутышкины — наглядный пример того, как простое бытовое прозвище превратилось в устойчивое родовое имя. В основе фамилии лежит прозвище Кутышка, которое происходит от глагола «кутать» — укутывать, одевать слишком тепло. Слово «кутышка» в народной речи означало «тот, кто кутается», особенно часто так говорили про ребёнка, которого одевали не по погоде. Со временем это прозвище закрепилось за человеком, который любил одеваться теплее других или просто имел привычку кутаться, и стало его постоянным именованием. Фамилия образовалась по стандартной восточнославянской модели: к основе Кутыш- добавился суффикс принадлежности -ин (вариант -ов, но здесь именно -ин, так как основа оканчивается на шипящий), указывающий на то, что речь идёт о потомке Кутышки. Таким образом, Кутышкины — это буквально «дети, потомки Кутышки».

Фамилия эта довольно редкая. Её географическое распространение связано в основном с центральными и северными регионами России, где диалектное слово «кутышка» было употребительно. Встречается она и в Поволжье. По социальному происхождению Кутышкины, скорее всего, относятся к крестьянскому или мещанскому сословию: прозвища, связанные с привычками и внешним видом, в дворянской среде закреплялись редко.

Интересно сравнить эту фамилию с однокоренными: Кутасов, Кутахов, Кутафин. Все они восходят к тому же гнезду слов с корнем «кут-». Но если Кутасов мог означать «коротышку» (от «куцый»), то Кутышкин прямо указывает на действие — на привычку кутаться. Это различие в суффиксах (-асов против -ышкин) показывает, насколько детально народная ономастика могла классифицировать человеческие качества.

В написании фамилии возможны варианты: Кутышкин и Кутышкина (для женщин), а также множественное число — Кутышкины. В дореволюционных метрических книгах могла встречаться форма Кутышкинъ с твёрдым знаком на конце. Точное время возникновения фамилии установить сложно, но, судя по модели образования, она оформилась не позднее XVII—XVIII веков, когда фамилии начали массово закрепляться у непривилегированных сословий.