Фамилия Кувафе — редкий случай, когда географический и языковой контекст важнее морфологии. В ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, и это сразу подсказывает, что корни у неё нерусские. Скорее всего, это фамилия тюркского или кавказского происхождения, адаптированная к русскому письму.

Основа «Куваф-» может восходить к тюркскому слову «кува» (кыуа, куу) — «лебедь» или к имени-прозвищу, связанному с этой птицей. В тюркских языках лебедь — символ чистоты, гордости, иногда долголетия. Суффикс -е в таком случае не является русским окончанием, а скорее передаёт местное произношение (Кувафе — «из рода Кува» или «относящийся к Куве»). Встречается также вариант, где «кува» может быть диалектным названием сухой травы или камыша, что даёт прозвище человеку, жившему у зарослей.

Вторая версия — греческая, но менее вероятная. Фамилия могла возникнуть у понтийских греков, где «кувафе» (κουβάφη) — искажённое от «кувас» (корзина, плетёное изделие). Однако для греческих фамилий характерны другие суффиксы (-иди, -пуло), а -е на конце — редкое окончание.

Географически фамилия Кувафе встречается в основном на юге России и в Краснодарском крае, что подтверждает её связь с адыгскими, турецкими или крымско-татарскими переселенцами. В дореволюционных метрических книгах она почти не фиксируется — это говорит о том, что фамилия могла быть записана поздно, в советское время, при паспортизации, когда носителям давали фамилию по отцу или прозвищу.

Таким образом, предки человека с фамилией Кувафе, скорее всего, были тюркоязычными или кавказскими крестьянами, ремесленниками или скотоводами, а сама фамилия — прозвище, данное по внешности, занятию или месту жительства.