Фамилия Куйкин — один из тех случаев, когда прозвище предка сохранило память о диалектном слове, почти забытом в современном языке. В основе лежит прозвище Куйка, а оно, в свою очередь, образовано от названия водоплавающей птицы. В разных говорах эту птицу называли по-разному: куйка, куек, гуйка, гуек. Речь идёт о нырке или гагаре — птице, которая прекрасно плавает и ныряет, но на суше выглядит неуклюжей из-за ног, сдвинутых далеко назад.

Почему человека могли прозвать Куйкой? Тут возможны два прямо противоположных толкования, и оба по-своему логичны. Первое — по сходству с повадками: отличный пловец и ныряльщик, «рыбак» от природы. Такое прозвище мог получить охотник на водоплавающую дичь или просто человек, чья жизнь была тесно связана с водой и рыбной ловлей. Второе — по внешнему виду или походке: неуклюжий, неповоротливый на берегу человек, который «ходит как гагара». Оба варианта имеют равное право на существование, и без точных сведений о первом носителе сказать, какое из них верно, невозможно.

Сама фамилия образована по стандартной для русских фамилий модели: к основе прозвища Куйк- добавился патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — «сын Куйки»). Это типичная для северных и центральных областей России форма, что косвенно подтверждает и «водный» характер прозвища — в северных говорах слово «куйка» было более распространено.

Стоит заметить, что фамилия Куйкин не связана с глаголом «ковать» (от «кую»), как иногда ошибочно предполагают. Ударение в фамилии падает на первый слог — Кýйкин, что как раз и указывает на происхождение от существительного, а не от глагольной формы.