Фамилия Куйкенов — редкий случай, когда основа, скорее всего, не связана с русским языком, а суффикс выдает обрусевшую тюркскую фамилию. Формант -ов указывает на то, что фамилия оформлена по русской модели притяжательных прилагательных («чей?» — Куйкенов), но корень «Куйкен» — не славянский. Это типичная картина для народов Поволжья, Урала, Сибири или Казахстана, где в XIX–XX веках при переходе к паспортной системе местные имена и прозвища записывали на русский лад.

В основе фамилии лежит личное имя или прозвище Куйкен. Его можно разобрать на две части: тюркское «куй» (каз. құй — «лей», «наливай»; башк. ҡой — то же самое) и уменьшительно-ласкательный аффикс -кен (или -ген), который в тюркских языках придает имени оттенок «маленький», «родной», «милый». Таким образом, Куйкен — это буквально «маленький наливай» или «родной, которого наливают». Вряд ли речь идет о прямом действии: скорее, так могли назвать ребенка, который любил помогать наливать чай, воду, кумыс, или же это было шутливое прозвище взрослого, связанное с гостеприимством или работой (например, разливщик напитков на празднике).

Есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых тюркских диалектах «куй» может означать «овца» (ср. каз. қой — «баран, овца»). Тогда Куйкен — это «овечка», «барашек» (ласковое прозвище ребенка). Однако фонетически «куй» и «кой» различаются, и если фамилия записана через «у», то первая версия с глаголом «лить» убедительнее.

Географически фамилия Куйкенов встречается в основном среди башкир, татар и казахов. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — возможно, от конкретного родоначальника в одном из аулов. Сословного разнообразия здесь не было: почти наверняка предки носителя фамилии — крестьяне-скотоводы или земледельцы, получившие фамилию при переписях конца XIX — начала XX века. Никаких дворянских родов с такой фамилией не существовало.

Сравните с однокоренными фамилиями: Куйкин (та же основа, но с русским суффиксом -ин), Куйкенов — более архаичная форма с сохранением тюркского аффикса. Если бы фамилия была записана как Куйкенев, это указывало бы на другой диалект (с гласной «е» в суффиксе), но Куйкенов — самый распространенный вариант.